从当时的情形来看，虽然忽必烈得到东道诸王的支持，但是西道诸王手中的实力要远胜于东道诸王。毫无疑问，忽必烈在战争开始时是处于下风的。但是忽必烈在权谋上要更胜阿里不哥一筹。他深知宗王们之所以会有推戴自已与阿里不哥的不同，背后是各种错综复杂的权力与利益关系。只要能够从“利”之一字入手，想要分化阿里不哥的阵营，并不是特别困难的事情。
于是忽必烈派出己方的察合台系宗王阿必失哈前往察合台汗国，希望争取察合台汗国的支持。阿里不哥也注意到忽必烈的异动，提前派出军队将阿必失哈截住，并将其送往漠北处死，察合台汗国的大权落入阿里不哥派的察合台系宗王阿鲁忽之手。然而忽必烈正在担心西北局势发展逐渐对己方不利之时，他的弟弟，蒙哥汗派往西方攻打波斯地区的旭烈兀归来，与阿里不哥产生矛盾，主动向忽必烈示好。于是忽必烈与旭烈兀缔结了政治联盟，后来在平定阿里不哥之乱以后，旭烈兀在波斯地区建立了伊利汗国。
另一方面，控制了察合台汗国的阿鲁忽也与阿里不哥出现了矛盾。就在阿里不哥与忽必烈之间爆发了和林之战以后，阿里不哥兵败和林，退往谦州，要求阿鲁忽为他提供军需物资和兵员战力。阿鲁忽并不愿意对阿里不哥就此俯首听命，侵吞了为阿里不哥筹集的物资，与阿里不哥交恶，并主动向忽必烈示好，希望以不再支持阿里不哥而倒向忽必烈，来换取察合台汗国在此地的统治权。忽必烈当然欣然同意。
此后，由于四大汗国之间产生矛盾，互相攻击，无暇参与忽必烈与阿里不哥之争，终于使阿里不哥在孤立无援的情况下被忽必烈击败，只得宣布投降。
阿里不哥投降之后，忽必烈并没有马上将他处死，而是将他幽禁起来，并准备召开忽里勒台大会，借处理阿里不哥的由头，来要求四大汗国来承认自己的地位。可是此时四大汗国内部正展开激烈的战斗，就连与忽必烈关系最为紧密的旭烈兀都无法抽身前来。此事只得不了了之。
阿里不哥在投降之后两年，突然暴病身亡，到底是忽必烈下手害他，还是自然死亡，我们都不得而知。但是我们大概可以知道，忽必烈对于阿里不哥一系并未赶尽杀绝。虽然史籍中对于阿里不哥后裔的去向语焉不详，但是我们大概可以猜测，阿里不哥的后裔可能托庇于西道诸王，或是原先支持阿里不哥的如金帐汗国、察合台汗国之下。在元朝统治的数十年间，我们没有看到阿里不哥系后裔有在元朝政坛活动的迹象。
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