参加革命
王子元少年时在家习读“四书”“五经” ，并随英国传教士研读圣经，学习英语。以后报考西安三秦公学，因考试成绩优异，英语特别突出，被该校聘为英语教师。青年时期为寻求救国道路，广交进步青年及革命人士，与三原于佑任、富平胡景翼结下革命友情。为保护辛亥革命的胜利果实，1918年与胡景翼等组织陕西靖国军，任外交处长，密赴上海市接于佑任返陕，沿途多驻足当地教会。于佑任平安归抵三原，出任靖国军总司令。同年冬又代表靖国军赴上海谒见孙中山，经孙中山介绍加入中华革命党，后聘为总统府咨议。1921年靖国军进入困境，孙中山遣王子元回陕，做靖国军与冯玉祥之间的联络工作。1922年靖国军失败，王子元等护送于佑任经四川赴沪。归陕后，参与地方教育改革，主持两所教会学校---崇真书院和美丽书院合并，创建了陕西第一所男女合校的崇美中学，著名历史学家武伯纶在该校上学。为继续深造，王子元1924年赴北京，借读北京大学，住北京检阅使冯玉祥将军处，受冯玉祥、胡景翼之约参加推翻曹锟政府，驱逐溥仪出宫的北京政变。事后冯玉祥被迫任西北边防督办，兼任甘肃省督办。冯任命王子元为华亭县长，王在任期间，支持了冯玉祥、于佑任“五原誓师”东进讨伐北洋军阀的义举，解西安围困。1927年，受冯玉祥之命，赴河南出任豫西和豫北行政长官，并修通豫陕公路，沟通西北与中原交通。1928年，青海省建制，冯任命王子元为青海省民政厅长，代行青海省长职务（时孙连仲省长未到任），对青海省建设做了大量工作，主持编写了《玉树开拓计划》和《现代青海》等专著。1930年马步芳在蒋介石支持下主政青海，王即离开青海返回陕西。
离政从教
回陕后，于佑任邀他去南京任职，他不愿再涉足政界，欲归故里从事教育工作。1932年经于佑任推荐，王子元出任“西北农林专科学校”（西北农业大学前身）筹备处主任，从此他投身于西农的创建工作。并代理校长之职。1936年建校基本完成，在正式任命校长时，戴季陶因前嫌，排挤王子元任命他人为校长，王离校返回西安。
1936年王子元返回西安，时年45岁。他反省自己前半生，为振兴中华参加革命，从政治国，办学兴国，为人正直，为官清廉，生活俭朴，两袖清风，但至此报国无望，前途渺茫，深感悲观。1937年秋，宋尚节博士在西安讲道，他带领家人参加，听后大受感动，幡然省悟，决心将后半生献身教育事业和基督教事业。同年12月，西安事变发生。事后许多老友遭受南京政府迫害，人心慌乱。国家危亡及个人遭遇集于一时，他忧愤成疾，精神失常。经治稍愈，于1937年末举家迁回三原薛家堡。
回到乡间，他看到农村贫困，文化落后，农民子弟求学极为困难，村中也无教堂，教友礼拜无定处。他鼓励子女办农民夜校，并进行抗日救国宣传。借用村小学数间草房做礼拜堂，请牧师领礼拜讲道，并举行布道大会，同时筹划兴办教育。他捐献自己的土地和部分家产，联合教育界老友、地方士绅和基督徒，于1939年在三原县安乐村创办振国中学及小学，为照顾农村子弟入学，该校收费较低。为筹措办学经费，王子元办工厂，将工厂所得全部用于办学，在经济拮据时，常将自家粮棉卖掉添补学校。尽管如此，学校仍接收十余名免费并供食宿的工读生，使这些日寇侵占区的青年和赤贫农民子弟获得读书机会。他要求师生“互敬互爱、舍己为人、努力学习、振兴中国。”由于王子元的爱国民主思想和进步教师的作用及基督教的影响，国民党在该校无法插足，三青团也难以开展活动，许多进步书刊却能在学生中传阅。该校教学质量高和校风严谨在当时闻名一方，原西安市工商联副主委任志竞，西安医科大学第一附属医院教授王泽民均毕业于该校。
为解决农村青年上大学难的问题，他于1948年在教育界和农业界老友支持下，创办了“西北农工学院”。
回归信仰
作为基督徒，他希望青年能信奉基督教，但坚持信仰自由。在不影响正常教学秩序的情况下，每学期有1到2天时间，请有名望的牧师如贾玉铭、马可等给学生讲道。信教学生每晚举行读经祈祷会，有时协助信教教师到附近农村作传道活动。每年圣诞节举行大型庆祝活动，同时演出进步歌曲和话剧，附近教徒和群众参加者甚众。
为解决当地教会无大型礼拜堂，在教友共同努力下，学校专盖一座四间连通的大教室（后改建成六间）既作学校礼堂和教室，也作当地礼拜堂。寒暑假期间，举行大型布道会，会期一般为7天。讲道人都是省内外知名牧师。各地信徒参加者有时可达五六百人。教友捐助钱粮，自办饮食，不足则由王子元家补充，坚持创办符合中国民情的教会。
由于学校的声望和当地教会的复兴，引起差会中外国传教士的注意。他们多次找王子元商议，希望将学校教育和教会工作与差会联系起来，可给予一定的经费援助，遭到王子元断然拒绝。他坚持主张中国教会应由中国信徒自己办，按圣经和基督教宗旨创办中国自己的教会。不接受外国经费，不依附外国教会组织，不受外国教会支配，基督徒必须有民族自尊心，他的主张受到广大教友的欢迎和支持。该地教会不再与差会联系，也不请外国传教士讲道，因而也引起当地差会中的中国传教士的误解。
1949年三原解放，王子元坚定不移地依赖和拥护共产党。他常对人说：“除无神论这一点外，共产党为国为民的一切主张都是我一生所盼，至今得以实现。”他认真学习党和国家的方针政策，响应党的号召，将西北农工学院和振兴中学交给国家。他积极参加社会活动，作人民陪审员时，深入群众作调查研究，使一起逼人致死案的原凶得到应有的惩罚，10年被怀疑对象得以解脱，在当地影响很大。1955年任三原县第一届政协委员。
1950年吴耀宗牧师等发起“三自爱国运动”，王子元十分拥护。他说：“中国教会必须实行自治、自养、自传，我办教会十余年的经验充分证实，这是中国教会复兴的必由之路。”振国中学交国家后，校园内的礼拜堂一并交出。为使附近教友有礼拜之处，他各处奔走，经政府同意，当地教友共同努力，建起一座四间的教堂，并坚持“三自”的原则自办教会。由于缺少讲道人，当地教友请他主持礼拜，因他不是神职人员，坚持不登台讲道。为此，1952年下半年，在教友的推荐下，经朱仲玉牧师按立王子元为长老，此后他才正式主持该教会工作，在各地讲道。
1959年，王子元以自己竭诚爱国之情和基督徒虔诚之心，关心祖国和平统一大业和教会工作的困难，亲赴北京，拜访黄炎培，邵力子等老友，陈述和平解放中国台湾统一祖国的想法和落实党的宗教政策的意见，抱着对共产党无限信赖之心，拟上书毛主席和党中央。诸老友给他讲述时局情况，劝他慎重从事。归陕后，他仍写了意见书上呈中央。在极“左”路线影响下，1960年4月以“保护性拘留”之名将王子元拘监待审。在狱中，他坚信自己渴求和平统一祖国的愿望和要求落实党的宗教政策的意见是正确的。1962年虽身陷囹圄，仍向党中央写了《和平解放中国台湾呼吁书》。在当时的历史条件下，他的愿望不能被理解，为此他经常禁食祷告。1964年元月19日含冤病故狱中。1978年，王子元的冤案经过认真复查，已彻底平反昭雪。
