妖书案（汉语拼音：Yaoshu'an），中国明末的疑案 。
发生于万历三十一年（1603）。
后郑贵妃生子常洵。
郑妃得神宗宠爱，神宗有意立其子为嗣。
为此朝臣多次力争早日册立东宫。
先是刑部侍郎吕坤撰《闺范图说》，神宗赐给郑贵妃。
贵妃亲自作序，其兄郑国泰重刻此书。
增刊后妃，起于汉明德皇后，终于郑贵妃。
二十六年秋，有人撰写闺范图说跋，名曰《忧危竑议》，言郑贵妃欲夺储位，吕坤等助之。
郑妃之党疑出自主张册立皇长子的吏科给事中戴士衡、全椒知县戴玉衡之手，神宗为此谪戍二人，了结此事。
二十九年，神宗迫于朝臣压力，册立朱常洛为东宫太子，然仍不遣福王朱常洵至国。
三十一年十一月，又出现《续忧危竑议》一书。
书中言神宗立东宫为不得已，又不齐备东宫官属，含有日后改易之意；另外，神宗命朱赓入阁，是因赓、更同音，也寓有改易之意；书中并附有依附朱赓的内外官员名单。
是书署名为吏科都给事中项应禅撰，四川道监察御史乔应甲刊。
因其言词诡妄，所以当时称作妖书。
神宗见书后大怒，立即命厂卫搜缉，大索奸人。
项、乔两人上书自明，帝不问。
其时浙党党魁沈一贯当国，与东林党人积怨已深，遂借此案诬陷次辅沈鲤、侍郎郭正域，兴起大狱。
最后太子为保全曾是他讲官的郭正域出面讲话，东厂提督陈矩也因狱主无名恐辗转攀累不已，沈一贯等才归罪于有诈骗郑国泰前科的顺天府斥黜生员皦生光。
次年四月磔生光，草草结案。
