朱三太子案（汉语拼音：Zhu Santaizi An），中国清代康熙时发生的反清事件。
清初，流传明崇祯帝第三子尚在民间，一些人即以朱三太子为号召，举兵抗清，清廷大力搜捕，史称朱三太子案。
康熙十二年冬（1674年1月），北京有杨起隆者，诈称朱三太子，组织旗下奴仆、佃户，密谋起事。
因事机漏泄，为清廷镇压，起隆逃走。
十九年，在陕西汉中捕获自称朱三太子慈璊的反清者，讯即起隆，然清廷指其假冒，在京磔死。
三藩乱时，福建蔡寅亦诈称朱三太子，拥众数万，与中国台湾郑经勾通反清，被清军击败于天宝山。
康熙四十年后，江苏太仓、浙江大岚山等处反清力量均称拥立朱三太子。
四十七年正月，捕获在浙江大岚山起兵抗清的张念一（念一和尚），四月，清廷根据他的口供在山东汶上县捉获张姓父子，指为起义军所拥立之朱三，押解至浙审问。
张供认本名朱慈焕，系崇祯帝四子，长期流落河南、浙江等地，先后改姓王、张，以课读糊口，时年已75岁，与江南、浙江等处反清力量并无关系。
但清廷指其伪冒明裔，以“通贼”罪仍将朱氏父子解京处死。
朱三太子一案从此遂寝。
