秦可卿很神秘，不止是因为她神秘的身世和神秘的病情，还有她神秘的死亡。她究竟是怎么死的？是因病而死还是自缢而亡，始终是一个解释不清楚的谜。
秦可卿具体是怎么死的，书中并没有写明。所以，秦可卿是如何死的存在争议。
很多人认为她并非病死，而另有他因。很多人认为她是自缢而死。证明秦可卿并非病死的直接证据，就是秦可卿判词中的图画。图画中画着高楼大厦，有一美人悬梁自尽。87版《红楼梦》电视剧中秦可卿就是在天香楼自缢而死的。
甲戌本红楼梦。第十三回前也有批注：隐去天香楼一节，是不忍下笔也。
靖藏本红楼梦第十三回，还有批语：可从此批，通回将可卿如何死故隐去，是余大发慈悲也。叹、叹。壬午季春，笏叟。
“遗簪”、“更衣”，从字面看，尚且能理解意思，对事件内容有个大概理解。但“天香楼”一节，到底发生了什么？我们只能确定这是一个地方，至于发生什么事件，却不得而知。
有人透露，有藏本保留了被删除的故事情节。具体内容为秦可卿与贾珍在天香楼偷情，因为瑞珠把风不严，被尤氏、贾蓉当场捉奸。此事之后，秦可卿与贾珍的丑事被越传越广。最后为了保住贾家的名誉，贾家决定牺牲秦可卿为贾家遮丑。秦可卿无奈只好在天香楼自尽。
秦可卿丑事暴露，死得很不光彩。贾家这样的钟鼎之家，簪缨望族，最是注重脸面声望，秦可卿的丑事必须被掩盖。这一点不论在哪个版本中都是一致的。所以，秦可卿之死必定会有两种：一种对外宣称的死，是正常的、光彩的死法。另一种是真实的死，是非正常的、隐蔽的死法。
并且在书中也有细节，能体现出秦可卿之死并不寻常。王熙凤睡梦中听闻四声云牌后，书中说“只得忙忙的穿衣服，往王夫人处来。彼时合家皆知，无不纳罕，都有些疑心”书中侧批：九个字写尽天香楼事，是不写之写。
无不纳罕，都有些疑心。说明全家人都很纳闷，对于秦可卿之死都很怀疑。秦可卿病死不太让人信服。并且批注明确写了是天香楼事，是不写之写。很明显是说秦可卿死与天香楼事有关，是没有写出来。也说明贾家是隐瞒了秦可卿真实死法的。
所以秦可卿之死，对外宣称的应该是病死，实际死法是自缢而死。
