后三年之役1083—1087年(永保3年—宽治元年)间，源义家讨伐奥羽豪族清原氏叛乱的战役。和前九年之役”合称“奥州十二年合战”。
背景
原本东北地方的两大势力为安倍氏跟清源氏，安倍氏于前九年之役灭亡后，清原氏成为东北的霸主。在永保3年(1083年)时，清原氏的当主之位已从清原光赖转移到弟弟武则一脉，传至武则的儿子武贞，再传至嫡子真衡。而清原武贞在前九年之役后，娶了被斩首的藤原经清的妻子，而她与藤原经清所生的儿子，就改名为清原清衡，之后武贞又与她生一子名为清原家衡。
养子成衡及清原氏分裂
清原武贞死后由真衡继任，由于真衡没有子嗣，便从平氏过继一男为养子，既为清原成衡。又让成衡娶源赖义之女为妻。就在婚礼之际，在前九年之役获有大战功的长老吉彦秀武带沙金来祝贺，但真衡却沉迷在与奈良法师下围棋，等待许久认为遭到侮辱的秀武将沙金洒向庭院便愤然离去。听闻此事的真衡认为秀武此举动无礼欲将他讨伐，秀武便联络一直对真衡不满的清衡与家衡共同作战。
义家加入与真衡之死
此时源义家(源赖义嫡子)出任陆奥守，他同时也是真衡的妻舅，两人便结成同一阵线。当真衡出兵北上之时，清衡与家衡联军趁此机会攻打真衡的大本营，但在士兵死守及义家及时来救援的情况下大败，两人都向义家投降。而真衡在往出羽进军的路上急病猝死。
清衡与家衡之争
真衡死后，义家将其所领有的奥六郡平分给清衡与家衡，清衡得和贺郡、江刺郡、胆泽郡。家衡得岩手郡、紫波郡、稗贯郡。但家衡对此结果不满，于应德3年(1086年)出兵偷袭清衡的居所，清衡仅以身免，其他家人全遭到杀害。
义家便帮助清衡对抗家衡，曾一度在沼栅(秋田县横手市雄物川町沼馆)吃了一次败仗。家衡听从叔父清原武衡之言将据点移至难攻不落的金泽栅(横手市金泽中野)，而义家听从吉彦秀武之言改打兵粮战，包围金泽栅直到对方兵粮耗尽。家衡及武衡因无粮食而放火烧金泽栅欲逃走，后来都被抓住并斩首。
战后处理
朝廷认为义家是以私人名义参战，拒绝给予军费更要求解任义家的陆奥守一职，义家则用自己的家财犒赏手下及有功人士，此举让源氏在关东获得极大名声。而清源清衡统治陆奥地方，也改名回藤原清衡成为奥州藤原氏之祖。
