公元前338年，秦孝公去世以后太子赢驷继承了皇位，也就是秦惠文王，秦惠文王继位以后公子虔等人告发了商鞅，说商鞅想要谋反，于是秦惠文王下令捉拿商鞅。商鞅在走投无路的情况下潜回了自己在秦国的封地邑商，并且发动邑商城内的兵勇攻打郑县，在于秦军交战的过程当中商鞅兵败身亡。
杀商鞅是政治斗争需要，保留商君法是秦国强大需要，如果连这个都分不清，就一锅端了，那秦惠文王就不是秦朝崛起史上的一代雄主了。
从秦孝公的角度看，秦国要有商鞅这个人，才能有商君法。而从秦惠文王的角度看，就变成了，秦国需要商君法，但不需要商鞅这个人。
杀商鞅是因为惠文王登基之后，需要站稳脚跟，就必须拉拢一下那些在商鞅变法期间受到严重打压的公族亲贵，表示自己和之前的秦孝公是不一样的，希望别人支持他，否则他很难顺利接过秦孝公留下的国君权力。
处死商鞅同时还意味着，虽然在商鞅变法时期，打压公族亲贵是商鞅在秦孝公的支持下干的，公族亲贵对商鞅和秦孝公都是满怀怨恨的，但他们无法报复秦孝公，所以只能忍了。
而新继位的国君惠文王处死商鞅则是让商鞅背了锅，将秦孝公的晚年错误和商鞅切割开来了。
更重要的则是，因为商鞅在秦孝公时期主持变法，又打击公族，在秦孝公去世后，如果惠文王不依靠公族来帮助自己，仍然继续让商鞅掌握很大的权力，那么商鞅就可能变成秦国的一个权臣，直接威胁刚继位的惠文王的政治权威。
但商鞅变法期间实施的改革对秦国的富强是有利的，而且效果也非常明显，秦国已经开始享受到一部分红利，如果彻底废黜商鞅之法，那就太愚蠢了，因为这意味着就要放弃一部分已经得到的好处。
从国君的帝王心术来说，同样如此，商鞅必须死。国君当然希望能有人做有利于国家利益的事，能够帮自己加强权力，让自己的权力尽可能少的受到其他人的制约。这也就是商鞅变法索要达到的目的。
但喜欢这些已经做成的事，不代表就一定要接受做这些事的人。否则，恩归于下，怨归于上，国君就不好当了。
事实上，不仅惠文王是这么做的，在秦朝灭亡之后，相继而起的汉朝也是这么做的。虽然汉朝吸取了秦朝二世而亡的教训，废除了一些秦朝的政策，但是秦朝的制度却被汉朝沿用下来了，而且更彻底。只是汉朝在具体操作过程中的策略相对缓和一些。
所以，汉朝初期是杂用封建制和郡县制，在汉朝自己能控制的地区实行郡县制，在自己暂时还鞭长莫及，无法控制的地区，则实行分封制。只是在刘邦时期，就已经把异姓诸侯王都诛杀完了，并且留下了非刘氏不得王的汉朝祖制。
即便如此，汉朝的宗室藩王们也还是在几十年后发动了叛乱，也就是七国之乱。而汉朝在平定七国之乱后，就更加有理由推动郡县制向东部地区扩展了，削减原来的宗室诸侯的封地，或者是将一部分直接变成朝廷的郡县，或者是通过推恩令让宗室诸侯的实力大大削弱，无力威胁中央。
