南山寺在漳州市区九龙江南畔的丹霞山麓，为漳州八大名胜之一，是闻名海内外的有一千二百多年历史的佛教大寺院。据《龙溪县志?古迹》记载，它原名“报劬崇福禅寺”，是唐开元年间（公元713～741年）太子太傅陈邕所建，至明朝才改称南山寺。
陈邕原籍京兆万年县（今陕西西安），唐中宗（李显）神龙年间（公元705～706年）进士，任太子李隆基的老师，李隆基登基（即玄宗皇帝），封为太傅。开元二十四年（公元736年）因与奸相李林甫不合，被贬谪到福建，先居福州，后迁兴化，最后迁居漳州。他看中九龙江南畔丹霞山麓这块山水秀丽的地方，兴建府第，因为建造形式类似宫廷，且有五个大门，违犯规制，被人密告到朝廷，说“陈邕兴造皇宫，阴谋造反。”皇上派钦差前来查办，消息传来，陈太傅谎了手脚，心想大祸临头，苦无对策。在危急之时，他的女儿金娘含泪请求父亲，舍宅为寺院，让她削发为尼，以保全家性命。陈太傅只得应允，即日请来法师，为金娘剃度为尼，并把她的闺房改为“修真净室”，将府第改为“报劬院”。钦差大臣来到，见所建是寺院，不是皇宫，据实复旨，陈太傅免予问罪。
南山寺具体建造时间应在开元二十四年（公元736年）以后，初名“报劬院”。宋乾德六年（即开宝元年，公元968年）刺史陈文重修，改名“崇福”（其时漳泉二州为陈洪进所辖，漳州长官称刺史。宋太平兴国三年即公元978陈洪进上表“纳土”，漳泉二州正式归宋），漳州知州章大任题匾“南州法罄”于南山寺。
南山寺规模宏大。进五个并列的大门为天王殿，殿中奉祀一尊笑迎八方来客的弥勒大佛像，两旁分列四大天王（也称四大金刚）高大形象。原为泥塑，为1960年“六?九”特大洪水淹浸，俗语云“泥菩萨过江自身难保”，这四大金刚全部坍倒。灾后改用水泥重新塑造，为古今所未有。其造型艺术尤其超越古今。弥勒佛背后，供奉一尊护法韦陀，两手按住一杆“降魔杵”，直插地面。据说这“落地杵”为表示此寺可供应四方游僧膳宿的标志（另一种是合掌当胸，降魔杵平放在两手臂间，表示不供应游僧膳宿）。
过了天王殿便是大雄宝殿，正中供奉“三宝佛”（三尊），是来代修建寺院时重塑的，其特征是两个耳朵下端成尖形。中华人民共和国成立后，认为寺是唐朝建的，佛像是宋代塑的，两相不合，因此叫它“改头换面”，把它的头“砍”掉，按照唐朝特征重塑成耳朵下端圆形的头面。但佛像踞坐的石殿和“桌裙”仍是宋朝的。
大雄宝殿的左侧有一个石佛阁，称“净业堂”，阁中有一巨大的石笋，聘请石匠名师把它雕成弥陀佛像。佛像连莲花座高达一丈六尺，造型优美，俗称大石佛。经考古专家鉴定，是一干多年前唐代艺术珍品。关于这尊大石佛，民间有一个有趣的传说：有一位有名的石雕名师听说南山寺要雕塑大石佛，前来应聘，要求较高的工资，但声明，在雕成之后，要是有人能指出任何一个缺点，可以分文不取。完工之日，邀请各界人士前来参观评论，大家啧啧称赞，无人指出缺点。那师傅正在洋洋得意，忽然有一个小孩高声说：“大石佛的指头那么大，而鼻孔那么小，怎么能伸进去挖鼻屎呢？”大家才注意到有这个缺点。要找石匠评说时，石匠已偷偷溜走了。其实这只是笑谈。
大雄宝殿的左角悬挂一口直径三尺八寸，高五尺六寸，重1300多市斤的大铜钟。它本是唐朝铸造，元朝延佑六年(1319年)扩建寺院时重新铸造，钟上有元朝住持僧右愚的题铭。钟声洪亮，几里路外还可听见。关于这口大钟的铸造，也有一段故事：传说当年寺内僧人为铸这口钟四出募化，有一位孤苦伶仃的老寡妇，诚心地把仅有的一枝铜钗捐献出来，－个乞丐也把仅有的一枚用钱捐献出来，僧人虽然笑纳，却视为无关轻重，将其弃置一旁。大钟出炉时，钟面有一个小小圆窟窿和一条小裂痕，经过几次重新浇铸，这两个缺点依然存在。后来住持僧想起了那铜钗和铜钱，拿来一比，完全符合，而且粘住了，再也撬不下来。至今大钟上的铜钱和铜钗痕迹犹存，这故事隐喻着一个哲理。
石佛阁的右邻是德星堂，俗称官房，原是供来客住宿的。1930～1931年间，陶铸任闽南特委书记时曾住在这里，特委机关就在这寺内领导革命。
大雄宝殿后面高坡上的右端是藏经阁，内珍藏六十厨经文，其中有无价之宝血书《华岩经》，相传是明天启年间寺僧融（一说雄）和莲山及尼姑莲三人用三年时间刺血合写而成，笔法端秀，字迹显出金黄色，共八十一卷。可惜在“文革”时受破坏，仅存残页。还有光绪帝御赐的《藏经》，即贝叶经，也是少有的珍贵文物。阁中还供奉一尊白石佛，是用纯白色大理石雕琢而成，高六尺，重四千公斤。因光洁如玉，被称为玉佛。据查是清光绪三十年（1904年）住持僧妙莲法师从缅甸募化而来。这种白石佛全国只有三尊，一在北京团城（一说围城），一在上海玉佛寺。
高坡上的左端是陈太傅祠，据传是当年陈邕故居，后人改建为祠，供奉陈太傅塑像，后像被毁。
太傅祠后面有楼，现称“小姐楼”，又称“姑娘楼”，传说为金娘当年的闺房。但据对地方文物有深入研究的陈北恺（已90多岁）老先生说，那楼上供奉的是自陈邕之父陈忠以上五代祖先神位，称“五祖楼”，所谓“小姐楼”乃是讹称，并从而讹为“姑娘楼”。
金娘小姐削发为尼之后，曾受皇上封为金花郡主，其墓原在寺后山上，人称“姑娘墓”，中华人民共和国成立后因五个工厂需要共建一座自来水池，把姑娘遗骸移葬在致经阁后园中，修建新墓，立碑曰：“唐浩封金花郡主玄妙之墓””（玄妙是金花郡主的法号），为游客所瞻仰。
大石佛、白玉佛、大钟、血书《严华经》、御赐《致经》（贝叶经）合称南山寺五宝。
